27 Mayıs 1960 sonrasında Yassıada'da kurulan darbe mahkemesinde görülen İstanbul-Ankara Olayları davasının temelinde iktidar (DP)- muhalefet (CHP)- ordu ilişkileri yatar. Bayar, Menderes, Bakanlar Kurulu, Genel Kurmay Başkanı, Emniyet mensupları ve sade DP'li vatandaşlardan oluşan 117 kişilik kalabalık bir "sanık" listesinden 44'ü idamla yargılanmıştır. Mahkemede Bayar, askerin siyasetle uğraşmasının ve siyasete girmesinin bu memleket için felaket olacağına kani olduğunu, bütün tarihimizin de bunu gösterdiğini, askerin siyasete girmemesi için mümkün olan her şeyin yapılması lazım gelsiğini o gün olduğu gibi bugün de aynı görüşü taşıdığını söyler.